معاونت اداری-مالی مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) یکی از ارکان مهم‌ و تاثیر گذار در این مجموعه می‌باشد که وظائفی از قبیل جذب و نگهداری نیروی انسانی مورد نیاز، تشکیل پرونده و تنظیم قراردادهای کارکنان، پرداخت حقوق و مزایای کارکنان، اعضاء هیات علمی، اساتید، محققین و ... را به عهده دارد. این معاونت نیز به تبع سایر واحدهای موسسه زیر نظر دفتر مقام معظم رهبری (مدظله العالی) و ابلاغیه های آن دفتر و همچنین برخی بخشنامه های دولتی، فعالیت دارد.

پایگاه اطلاع‌رسانی معاونت اداری-مالی مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) جهت اطلاع‌رسانی عمومی و افراد مرتبط با موسسه از ساختار سازمانی و فعالیت های این معاونت راه‌اندازی شده است.